Differentiëren tussen de lijn als bron van de bacteriëmie en een ander focus is soms moeilijk. Indien nog geen antibioticum gestart werd, kan het nuttig zijn om alvorens hiermee te starten, een bloedkweek via de lijn af te nemen en op hetzelfde moment een bloedkweek via een veneuze punctie. Dit laat vaak toe het onderscheid te maken tussen een lijnensepsis en een andere bron van de bacteriemie, echter de therapeutische consequenties zijn in de praktijk vaak gering. Wanneer de lijn de bron van is van de bacteriëmie wordt de bloedkweek die via de lijn afgenomen meestal minstens 2 uur eerder positief dan de bloedkweek afgenomen via veneuze punctie.

Verwijderen van de lijn biedt de grootste kans op genezing. Dit is echter niet altijd mogelijk. Bij bacteriemie met S. aureus of bij candidemie dient de lijn altijd verwijderd te worden. Bij Stenotrophomonas, Pseudomonas en Acinetobacter baumannii bacteriemie verdient het ook de voorkeur de lijn te verwijderen.  
Ook enterokokken, bacillus en corynebacterien als bron van lijn-gerelateerde bacteriëmie recidiveren erg frequent en dus is verwijderen van de lijn wenselijk.

Definitieve genezing van een infectie ter hoogte van het onderhuids getunnelde traject van de lijn noodzaakt meestal verwijderen van de lijn.

Omdat de micro-organismen die infectie van de lijn veroorzaken meestal aan de binnenkant van de lijn kleven dienen antibiotica DOOR DE LIJN te worden gegeven voor de volledige behandelingsduur. Bij gebruik van een antibiotisch lock kan hiervan worden afgeweken.